Den 1. maj 1618  indviedes Helnæs Kirke af biskoppen for Fyn. Hermed havde øens 250 beboere fået et lokalt ”gudshus på deres egen bekostning”.

Indtil da havde øen først hørt til Dreslette kirke og efter reformationen til Sønderby Kirke, der ligesom Dreslette hørte under Hagenskov.

Den lange vej til kirke fik helnæsboerne til at anmode Chr. IV i 1616 om at få eget ”gudshus”. I 1617 gav kongen sit samtykke til opførelsen. Bygningen blev en kampestensbygning uden tårn. En fritstående klokkestabel blev opført i tilknytning til kapellet. Stedet der blev valgt til byggeriet ligger på det højeste sted i midten af landsbyen og med lige langt til de yderste gårde på øen.

Undervejs har kapellet skiftet udseende flere gange. Især efter Helnæs blev et selvstændigt sogn, har de skiftende ejere gennemført ændringer og tilføjelser. Klokketårnet blev opført i 1740 af major Dewitz, Frederiksgave. I 1974 blev Helnæs og Dreslette forenet i et pastorat.

Kirken blev statsejendom igen i 1824 på grund af Ryberg-familiens konkurs, men solgtes sammen med hele Helnæs i 1854. I 1914 blev kirken en selvejende enhed forvaltet af et menighedsråd.